加个门店的索引看看。
你没有选中太多的门店吧?filter的值没有太长吧?
1、添加索引
http://www.baidu.com/baidu?wd=sqlserver+%CC%ED%BC%D3%CB%F7%D2%FD&tn=monline_4_dg
2、如果你数据量大,而门店重复数据多,那查询自然就慢,in的匹配,是一行一行匹配的。